Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Keskkonnamikrobioloogia töörühma peamiseks eesmärgiks on uurida tehislikes ja looduslikes ökosüsteemides toimuvaid biogeokeemilisi protsesse. Olulisemad uurimisvaldkonnad on mikroobide poolt vahendatud protsessid lämmastiku-, fosfori- ja süsinikuringes tehislikes ning looduslikes ökosüsteemides. Paljud uurimisprojektid on koostöös välisülikoolide ja teiste partneritega.

Erinevate keskkondade mikroobikoosluse mitmekesisust, aktiivsust ja funktsionaalsust uuritakse kaasaaegselt sisustatud laboris kasutades väga erinevaid molekulaarseid meetodeid (nt kvantitatiivne PCR, metagenoomika). Töörühma igapäevatöös on ka väga olulisel kohal nii uute molekulaarsete kui ka bioinformaatiliste metoodikate väljatöötamine.

Töörühma juht:

Mikk Espenberg

Vanemuise 46-241

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor

Vanemuise 46-241

mikk.espenberg@ut.ee

+372 737 6843

Mikroobikooslused märgalades lokaalsest globaalseni – kliima soojenemise ja maakasutuse mõju
Taastatud märgalade mikrobioom
Metsaökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
Rannikuökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
Tehismärgalapuhasti metagenoomi analüüs
Mikroobikoosluste roll ja dünaamika bioelektrokeemiliselt võimendatud tehismärgalades põllumajandusliku reostuse leevendamiseks
Haljaskatuste mikroobikooslus
Taimede ja nende risosfääri mikroobikoosluste analüüs

Publikatsioonid andmebaasides Google Scholar ja ResearchGate:

Google Scholar

ResearchGate

Meie koostööpartnerid Eestis ja mujal maailmas:

Eesti Maaülikool
Läti Riiklik Metsauuringute Instituut "Silava" (Läti)
Läti Ülikool (Läti)
Soome Loodusvarade Instituut (Luke) (Soome)
Helsingi Ülikool (Soome)
Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool (Rootsi)
Linné Ülikool (Rootsi)
Rennes'i Ülikool (Prantsusmaa)
Lorraine'i Ülikool (Prantsusmaa)
Prantsuse Riikliku Põllumajandusuuringute Instituut (INRAE) (Prantsusmaa)
Ida-Hiina Tavaülikool (Shanghai, Hiina)
Chungbuki Riiklik Ülikool (Lõuna-Korea)
Aberdeeni Ülikool (Suurbritannia)
University of East Anglia (Suurbritannia)
California Ülikool, Berkeley (USA)

NB! Uurimistöid saab kohandada vastavalt tudengite huvidele. Uurimistööd sisaldavad olenevalt teemast välitöid, laboritööd ja/või ka andmeanalüüsi arvutis.

Kontakt: mikk.espenberg@ut.ee

1) Märgalade maakasutuse muutuse mõju mikroobikooslusele ja biogeokeemilistele ringetele metagenoomika abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

2) Märgalade maakasutuse muutuse mõju bakterite ja arhede kooslustele amplikonipõhise sekveneerimise abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

3) Turbamulla sügavamate kihtide mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

4) Turbamulla kihtide mikroobse süsinikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

5) Tehismärgalade põllumajandusega seotud hajureostuse vähendamine mikrobioloogiliste protsesside abil

6) Keskkonnatehnoloogiliste meetodite efektiivsuse metaanalüüs

Töö eeldab huvi andmeanalüüsi vastu.

7) Taimede roll metaani (CH4) ja naerugaasi (N2O) emiteerimisel või sidumisel: mikrobioloogiline analüüs

8) Mikrobioloogiliste meetodite väljatöötamine ja arendamine toitainete ringluse uurimiseks

ja paljud teised teemad. Küsi julgelt, leiame lahenduse!

Küsi lisainfot

välipraktika

Autor:

Tartu Ülikooli geograafia osakond

Vaata kõiki pilte (9)

Töörühma liikmed

Mikk Espenberg

Töörühma juht

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor

Vanemuise 46-241

+372 737 6843

mikk.espenberg@ut.ee

Mikk Espenberg

Töörühma juht

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor

Vanemuise 46-241

+372 737 6843

mikk.espenberg@ut.ee

Kärt Kanger

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,5 k

Kärt Kanger

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,5 k

Sharvari Sunil Gadegaonkar

doktorant

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonnatehnoloogia spetsialist 0,7 k

Vanemuise 46-134

sharvari.gadegaonkar@ut.ee

Sharvari Sunil Gadegaonkar

doktorant

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonnatehnoloogia spetsialist 0,7 k

Vanemuise 46-134

sharvari.gadegaonkar@ut.ee

Fahad Ali Kazmi

doktorant

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k

Vanemuise 46-134

fahad.ali.kazmi@ut.ee

Fahad Ali Kazmi

doktorant

Geograafia osakond

Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool

keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k

Vanemuise 46-134

fahad.ali.kazmi@ut.ee

Laura Kuusemets

magistritudeng

Laura Kuusemets

magistritudeng

Kristel Reiss

magistritudeng

Kristel Reiss

magistritudeng

Esther Amalachukwu Nwume

magistritudeng

Esther Amalachukwu Nwume

magistritudeng

Majid Farhadi

magistritudeng

Majid Farhadi

magistritudeng

Rasak Ayodeji Bello

magistritudeng

Rasak Ayodeji Bello

magistritudeng

Karmel Kikas

magistritudeng

Karmel Kikas

magistritudeng

Fahad Ali Kazmi, doktorant - Mullabakterite ja -arhede globaalne biogeograafia soode süsiniku- ja lämmastikuringetes (Global biogeography of peatland soil bacteria and archaea regarding carbon and nitrogen cycles)

Laura Kuusemets, doktorant - Märgalade metsade toitainete ringluse jätkusuutlik juhtimine arvestades mikrobioomi ja kasvuhoonegaaside vooge (Sustainable management of wetland forest nutrient cycling considering microbiome and greenhouse gas fluxes)

Maret Hobolainen, doktorant - Kõdupuidu lagunemiskiirus looduses: varieeruvuse allikad ja mõõtmine (Dead wood decomposition rates in nature: major drivers and measurement techniques)

Kristel Reiss, magistritudeng

Rasak Ayodeji Bello, magistritudeng

Karmel Kikas, magistritudeng

Eliisabet Ojar, bakalaureusetudeng

Doktoritööd

Sharvari Sunil Gadegaonkar - Mikrobioloogiliste ja keskkonnategurite mõju nitraadi eemaldamisele veest bioelektrokeemilistes süsteemides (Microbial and environmental factors affecting the nitrate removal efficiency from water in bioelectrochemical systems) (2023)

Mohit Masta - Soomuldade naerugaasi-allikate määramine isotopoloogiliste ja mikrobioloogiliste meetoditega (Isotopologue and microbiome studies for N₂O source attribution in peat soils) (doktoritöö, 2022)

Magistritööd

Esther Amalachukwu Nwume - Juureparameetrid ja mikroobikooslus – keskkonnamuutuste indikaatorid mullas (Root traits and microbial community – indicators for environmental change in belowground) (magistritöö, 2023)

Laura Kuusemets - Väetamise ja põllukultuuride mõju lämmastikuringele mikrobioloogiliste analüüside ja N₂O emissioonide põhjal (The effect of fertilisation and crop on the nitrogen cycle based on microbial analysis and N₂O emissions) (magistritöö, 2023)

Majid Farhadi - Pideva vooluga bioelektrokeemilise reaktori disainimine ja käivitamine nitraadireostuse puhastamiseks veest (Design and startup of a continuous-flow bioelectrochemical reactor for treating nitrate pollution from water) (magistritöö, 2023)

Zane Ferch - Turbamulla mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes (Dynamics of soil microbial nitrogen cycle during a year-long study in a drained peatland forest) (magistritöö, 2022)

Kadri Kuusk - Lämmastikreostuse eemaldamise geneetiline potentsiaal vabaveelistes tehismärgalades (The genetic potential of nitrogen pollution removal in surface flow constructed wetlands) (magistritöö, 2022)

Kristin Pille - Erinevate taimeliikide mõju mikrobioloogilisele metaani- ja lämmastikuringele ning CH₄ ja N₂O emissioonidele riimveest mõjutatud rannikul (Impact of different plant species on the microbial methane and nitrogen cycle and CH₄ and N₂O emissions on coasts affected by brackish water) (magistritöö, 2020)

Bakalaureusetööd

Karmel Kikas - Prokarüootide ja seente denitrifikatsiooni potentsiaali hindamine erinevates ökosüsteemides reaalaja PCR meetodiga (Assessment of denitrification potential of prokaryotes and fungi in different ecosystems using the real-time PCR method) (bakalaureusetöö, 2023)

Liina Hints - Amasoonase madaliku lääneosa palmisoode mulla mikrobiooom ja selle seos metaani ning dilämmastikoksiidi voogudega mullas (Microbial nitrogen cycle and resulting nitrous oxide fluxes in Amazonian peatland soils) (bakalaureusetöö, 2022)

Laura Kuusemets - Nitrifikatsiooni ja denitrifikatsiooni protsesside määramine reaalaja PCR-i ja isotoopanalüüsi meetoditega kuivendatud ja üleujutatud kõdusoometsades (Nitrification and denitrification processes in drained and inundated peatland forest determined by real-time PCR and isotope methods) (bakalaureusetöö, 2021)

Kristel Reiss - Lühiajalise üleujutuse mõju mulla mikrobioloogilisele lämmastikuringele kaldaäärses lepikus (Microbial nitrogen cycle response to short-term flooding in a riparian forest soil) (bakalaureusetöö, 2021)

Kadri Kuusk - Metaani tootmise ja tarbimise mikrobioloogiline potentsiaal erinevat tüüpi haljaskatustel (The microbiological potential of methane production and consumption on different types of green roofs) (bakalaureusetöö, 2020)

Kadri Saare - Arhede arvukuse ja mitmekesisuse iseloomustamine Paistu hübriidse tehismärgala pinnasfiltrites (Characterisation of the population and diversity of archaea in Paistu hybrid constructed treatment wetland) (bakalaureusetöö, 2014)

Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Töörühma liikmed

Kutsume ettevõtteid ja organisatsioone pakkuma välja magistritööde teemasid

Tule kuula doktorantide põnevaid välkloenguid ja vali oma lemmik!

Geograafia osakonna seminar: „Eddy-covariance measurements in wetlands and urban areas“, Prof. Krzysztof Fortuniak

Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Projektid

Publikatsioonid

Koostööpartnerid

Magistri- ja bakalaureusetöö teemasid keskkonnatehnoloogia ja loodusgeograafia erialal

Töörühma liikmed

Kutsume ettevõtteid ja organisatsioone pakkuma välja magistritööde teemasid

Tule kuula doktorantide põnevaid välkloenguid ja vali oma lemmik!

Geograafia osakonna seminar: „Eddy-covariance measurements in wetlands and urban areas“, Prof. Krzysztof Fortuniak