Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Keskkonnamikrobioloogia töörühma peamiseks eesmärgiks on uurida tehislikes ja looduslikes ökosüsteemides toimuvaid  biogeokeemilisi protsesse. Olulisemad uurimisvaldkonnad on mikroobide poolt vahendatud protsessid lämmastiku-, fosfori- ja süsinikuringes tehislikes ning looduslikes ökosüsteemides. Paljud uurimisprojektid on koostöös välisülikoolide ja teiste partneritega.

Erinevate keskkondade mikroobikoosluse mitmekesisust, aktiivsust ja funktsionaalsust uuritakse kaasaaegselt sisustatud laboris kasutades väga erinevaid molekulaarseid meetodeid (nt kvantitatiivne PCR, metagenoomika). Töörühma igapäevatöös on ka väga olulisel kohal nii uute molekulaarsete kui ka bioinformaatiliste metoodikate väljatöötamine.

    • Mikroobikooslused märgalades lokaalsest globaalseni – kliima soojenemise ja maakasutuse mõju
    • Taastatud märgalade mikrobioom
    • Metsaökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
    • Rannikuökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
    • Tehismärgalapuhasti metagenoomi analüüs
    • Mikroobikoosluste roll ja dünaamika bioelektrokeemiliselt võimendatud tehismärgalades põllumajandusliku reostuse leevendamiseks
    • Haljaskatuste mikroobikooslus
    • Taimede ja nende risosfääri mikroobikoosluste analüüs

    Publikatsioonid andmebaasides Google Scholar ja ResearchGate:

    Meie koostööpartnerid Eestis ja mujal maailmas:

    • Eesti Maaülikool
    • Läti Riiklik Metsauuringute Instituut "Silava" (Läti)
    • Läti Ülikool (Läti)
    • Soome Loodusvarade Instituut (Luke) (Soome)
    • Helsingi Ülikool (Soome)
    • Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool (Rootsi)
    • Linné Ülikool (Rootsi)
    • Rennes'i Ülikool (Prantsusmaa)
    • Lorraine'i Ülikool (Prantsusmaa)
    • Prantsuse Riikliku Põllumajandusuuringute Instituut (INRAE) (Prantsusmaa)
    • Ida-Hiina Tavaülikool (Shanghai, Hiina)
    • Chungbuki Riiklik Ülikool (Lõuna-Korea)
    • Aberdeeni Ülikool (Suurbritannia)
    • University of East Anglia (Suurbritannia)
    • California Ülikool, Berkeley (USA)
    ​NB! Uurimistöid saab kohandada vastavalt tudengite huvidele. Uurimistööd sisaldavad olenevalt teemast välitöid, laboritööd ja/või ka andmeanalüüsi arvutis.

    Kontakt: mikk.espenberg@ut.ee

    1) Märgalade maakasutuse muutuse mõju mikroobikooslusele ja biogeokeemilistele ringetele metagenoomika abil

    Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

    2) Märgalade maakasutuse muutuse mõju bakterite ja arhede kooslustele amplikonipõhise sekveneerimise abil

    Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

    3) Turbamulla sügavamate kihtide mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

    4) Turbamulla kihtide mikroobse süsinikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

    5) Tehismärgalade põllumajandusega seotud hajureostuse vähendamine mikrobioloogiliste protsesside abil

    6) Keskkonnatehnoloogiliste meetodite efektiivsuse metaanalüüs

    Töö eeldab huvi andmeanalüüsi vastu.

    7) Taimede roll metaani (CH4) ja naerugaasi (N2O) emiteerimisel või sidumisel: mikrobioloogiline analüüs

    8) Mikrobioloogiliste meetodite väljatöötamine ja arendamine toitainete ringluse uurimiseks

     

    ja paljud teised teemad. Küsi julgelt, leiame lahenduse!

    Küsi lisainfot

    Töörühma liikmed

    Mikk Espenberg
    Töörühma juht
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
    Vanemuise 46-241
    +372 737 6843
    Mikk Espenberg
    Töörühma juht
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
    Vanemuise 46-241
    +372 737 6843
    Kärt Kanger
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,5 k
    Kärt Kanger
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,5 k
    Sharvari Sunil Gadegaonkar
    doktorant
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonnatehnoloogia spetsialist 0,7 k
    Vanemuise 46-134
    Sharvari Sunil Gadegaonkar
    doktorant
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonnatehnoloogia spetsialist 0,7 k
    Vanemuise 46-134
    Fahad Ali Kazmi
    doktorant
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
    Vanemuise 46-134
    Fahad Ali Kazmi
    doktorant
    Geograafia osakond
    Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
    keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
    Vanemuise 46-134
    Laura Kuusemets
    magistritudeng
    Laura Kuusemets
    magistritudeng
    Kristel Reiss
    magistritudeng
    Kristel Reiss
    magistritudeng
    Esther Amalachukwu Nwume
    magistritudeng
    Esther Amalachukwu Nwume
    magistritudeng
    Majid Farhadi
    magistritudeng
    Majid Farhadi
    magistritudeng
    Rasak Ayodeji Bello
    magistritudeng
    Rasak Ayodeji Bello
    magistritudeng
    Karmel Kikas
    magistritudeng
    Karmel Kikas
    magistritudeng
    geograaf

    Kutsume ettevõtteid ja organisatsioone pakkuma välja magistritööde teemasid

    Publik

    Tule kuula doktorantide põnevaid välkloenguid ja vali oma lemmik!

    Geograafia osakonna seminar: „Eddy-covariance measurements in wetlands and urban areas“, Prof. Krzysztof Fortuniak

    Geograafia osakonna seminar: „Eddy-covariance measurements in wetlands and urban areas“, Prof. Krzysztof Fortuniak