Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Keskkonnamikrobioloogia töörühma peamiseks eesmärgiks on uurida tehislikes ja looduslikes ökosüsteemides toimuvaid biogeokeemilisi protsesse. Olulisemad uurimisvaldkonnad on mikroobide poolt vahendatud protsessid lämmastiku-, fosfori- ja süsinikuringes tehislikes ning looduslikes ökosüsteemides. Paljud uurimisprojektid on koostöös välisülikoolide ja teiste partneritega.

Erinevate keskkondade mikroobikoosluse mitmekesisust, aktiivsust ja funktsionaalsust uuritakse kaasaaegselt sisustatud laboris kasutades väga erinevaid molekulaarseid meetodeid (nt kvantitatiivne PCR, metagenoomika). Töörühma igapäevatöös on ka väga olulisel kohal nii uute molekulaarsete kui ka bioinformaatiliste metoodikate väljatöötamine.

  • Mikroobikooslused märgalades lokaalsest globaalseni – kliima soojenemise ja maakasutuse mõju
  • Taastatud märgalade mikrobioom
  • Metsaökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
  • Rannikuökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
  • Tehismärgalapuhasti metagenoomi analüüs
  • Mikroobikoosluste roll ja dünaamika bioelektrokeemiliselt võimendatud tehismärgalades põllumajandusliku reostuse leevendamiseks
  • Haljaskatuste mikroobikooslus
  • Taimede ja nende risosfääri mikroobikoosluste analüüs

Publikatsioonid andmebaasides:

Meie koostööpartnerid Eestis ja mujal maailmas:

  • Eesti Maaülikool
  • Läti Riiklik Metsauuringute Instituut "Silava" (Läti)
  • Läti Ülikool (Läti)
  • Soome Loodusvarade Instituut (Luke) (Soome)
  • Helsingi Ülikool (Soome)
  • Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool (Rootsi)
  • Linné Ülikool (Rootsi)
  • Rennes'i Ülikool (Prantsusmaa)
  • Lorraine'i Ülikool (Prantsusmaa)
  • Prantsuse Riikliku Põllumajandusuuringute Instituut (INRAE) (Prantsusmaa)
  • Ida-Hiina Tavaülikool (Shanghai, Hiina)
  • Chungbuki Riiklik Ülikool (Lõuna-Korea)
  • Aberdeeni Ülikool (Suurbritannia)
  • University of East Anglia (Suurbritannia)
  • California Ülikool, Berkeley (USA)
  • National Taiwan University (Taiwan)
  • National Ilan University (Taiwan)
NB! Uurimistöid saab kohandada vastavalt tudengite huvidele. Uurimistööd sisaldavad olenevalt teemast välitöid, laboritööd ja/või ka andmeanalüüsi arvutis.

Kontakt: mikk.espenberg@ut.ee

1) Märgalade maakasutuse muutuse mõju mikroobikooslusele ja biogeokeemilistele ringetele metagenoomika abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

2) Märgalade maakasutuse muutuse mõju bakterite ja arhede kooslustele amplikonipõhise sekveneerimise abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

3) Turbamulla sügavamate kihtide mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

4) Turbamulla kihtide mikroobse süsinikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

5) Tehismärgalade põllumajandusega seotud hajureostuse vähendamine mikrobioloogiliste protsesside abil

6) Keskkonnatehnoloogiliste meetodite efektiivsuse metaanalüüs

Töö eeldab huvi andmeanalüüsi vastu.

7) Taimede roll metaani (CH4) ja naerugaasi (N2O) emiteerimisel või sidumisel: mikrobioloogiline analüüs

8) Mikrobioloogiliste meetodite väljatöötamine ja arendamine toitainete ringluse uurimiseks

ja paljud teised teemad. Küsi julgelt, leiame lahenduse!

Küsi lisainfot

Töörühma liikmed

Mikk Espenberg
Töörühma juht
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
Vanemuise 46-241
+372 737 6843
Mikk Espenberg
Töörühma juht
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
Vanemuise 46-241
+372 737 6843
Ramita Khanongnuch
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia teadur
Vanemuise 46-336
Ramita Khanongnuch
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia teadur
Vanemuise 46-336
Kärt Kanger
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia spetsialist 0,7 k
Kärt Kanger
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia spetsialist 0,7 k
Fahad Ali Kazmi
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
Vanemuise 46-134
Fahad Ali Kazmi
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
Vanemuise 46-134
Laura Kuusemets
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia nooremteadur
Vanemuise 46-134
Laura Kuusemets
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia nooremteadur
Vanemuise 46-134
Kristel Reiss
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
bioinformaatika nooremteadur (tööleping peatatud)
Kristel Reiss
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
bioinformaatika nooremteadur (tööleping peatatud)
Amy Russell
doktorant, East Anglia Ülikool (UK)
Amy Russell
doktorant, East Anglia Ülikool (UK)
Karmel Kikas
magistritudeng
Karmel Kikas
magistritudeng
Si Chen
magistritudeng
Si Chen
magistritudeng
Hayden Nobis
magistritudeng
Hayden Nobis
magistritudeng
Eliisabet Ojar
magistritudeng
Eliisabet Ojar
magistritudeng
Monika Stjuf
bakalaureusetudeng
Monika Stjuf
bakalaureusetudeng
Sophie Saarts
bakalaureusetudeng
Sophie Saarts
bakalaureusetudeng
Lauri Eving
bakalaureusetudeng
Lauri Eving
bakalaureusetudeng

Fahad Ali Kazmi, doktorant - Mullabakterite ja -arhede globaalne biogeograafia soode süsiniku- ja lämmastikuringetes (Global biogeography of peatland soil bacteria and archaea regarding carbon and nitrogen cycles)

Laura Kuusemets, doktorant - Märgalade metsade toitainete ringluse jätkusuutlik juhtimine arvestades mikrobioomi ja kasvuhoonegaaside vooge (Sustainable management of wetland forest nutrient cycling considering microbiome and greenhouse gas fluxes)

Maret Hobolainen, doktorant - Kõdupuidu lagunemiskiirus looduses: varieeruvuse allikad ja mõõtmine (Dead wood decomposition rates in nature: major drivers and measurement techniques)

Kristel Reiss, doktorant - Globaalsete turbaalade lämmastikuringe mikrobioomi analüüs (Global peatlands' nitrogen cycle microbiome analysis)

Amy Russell, doktorant - Märgalad muutustes: mikrobioomi, naerugaasi emissiooni ja kliimamuutuste seosed (Wetlands under threat: Linking microbiomes, nitrous oxide emissions and climate change)

Karmel Kikas, magistritudeng

Si Chen, magistritudeng

Hayden Nobis, magistritudeng

Eliisabet Ojar, magistritudeng

Monika Stjuf, bakalaureusetudeng

Sophie Saarts, bakalaureusetudeng

Lauri Eving, bakalaureusetudeng

Doktoritööd

Sharvari Sunil Gadegaonkar - Mikrobioloogiliste ja keskkonnategurite mõju nitraadi eemaldamisele veest bioelektrokeemilistes süsteemides (Microbial and environmental factors affecting the nitrate removal efficiency from water in bioelectrochemical systems) (2023)

Mohit Masta - Soomuldade naerugaasi-allikate määramine isotopoloogiliste ja mikrobioloogiliste meetoditega (Isotopologue and microbiome studies for N2O source attribution in peat soils) (doktoritöö, 2022)

Magistritööd

Kristel Reiss - Lühiajalise üleujutuse mõju mulla mikrobioomile kaldaäärses lepikus (Microbial community response to short-term flooding in a riparian forest) (magistritöö, 2024)

Rasak Ayodeji Bello - Pideva vooluga bioelektrokeemilise reaktori pikaajaline seire ja optimeerimine vee nitraadireostuse puhastamiseks (Long-term monitoring and optimization of a continuous-flow bioelectrochemical reactor for the treatment of nitrate pollution in water) (magistritöö, 2024)

Ikechukwu Timothy Ukah - Troopiliste pilvemetsade muldade ja võramuldade mikroobsed protsessid lämmastikuringes Réunioni saarel (Microbial nitrogen cycle in tropical cloud forest soils and canopy soils of Réunion island) (magistritöö, 2024)

Esther Amalachukwu Nwume - Juureparameetrid ja mikroobikooslus – keskkonnamuutuste indikaatorid mullas (Root traits and microbial community – indicators for environmental change in belowground) (magistritöö, 2023)

Laura Kuusemets - Väetamise ja põllukultuuride mõju lämmastikuringele mikrobioloogiliste analüüside ja N2O emissioonide põhjal (The effect of fertilisation and crop on the nitrogen cycle based on microbial analysis and N2O emissions) (magistritöö, 2023)

Majid Farhadi - Pideva vooluga bioelektrokeemilise reaktori disainimine ja käivitamine nitraadireostuse puhastamiseks veest (Design and startup of a continuous-flow bioelectrochemical reactor for treating nitrate pollution from water) (magistritöö, 2023)

Zane Ferch - Turbamulla mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes (Dynamics of soil microbial nitrogen cycle during a year-long study in a drained peatland forest) (magistritöö, 2022)

Kadri Kuusk - Lämmastikreostuse eemaldamise geneetiline potentsiaal vabaveelistes tehismärgalades (The genetic potential of nitrogen pollution removal in surface flow constructed wetlands) (magistritöö, 2022)

Kristin Pille - Erinevate taimeliikide mõju mikrobioloogilisele metaani- ja lämmastikuringele ning CH4 ja N2O emissioonidele riimveest mõjutatud rannikul (Impact of different plant species on the microbial methane and nitrogen cycle and CH4 and N2O emissions on coasts affected by brackish water) (magistritöö, 2020)

Bakalaureusetööd

Eliisabet Ojar - Erinevat tüüpi reoveepuhastite võrdlus lämmastikärastuseks: süstemaatiline kirjanduse ülevaade (Comparison of different types of wastewater treatment systems for nitrogen removal: a systematic literature review) (bakalaureusetöö, 2024)

Karmel Kikas - Prokarüootide ja seente denitrifikatsiooni potentsiaali hindamine erinevates ökosüsteemides reaalaja PCR meetodiga (Assessment of denitrification potential of prokaryotes and fungi in different ecosystems using the real-time PCR method) (bakalaureusetöö, 2023)

Liina Hints - Amasoonase madaliku lääneosa palmisoode mulla mikrobiooom ja selle seos metaani ning dilämmastikoksiidi voogudega mullas (Microbial nitrogen cycle and resulting nitrous oxide fluxes in Amazonian peatland soils) (bakalaureusetöö, 2022)

Laura Kuusemets - Nitrifikatsiooni ja denitrifikatsiooni protsesside määramine reaalaja PCR-i ja isotoopanalüüsi meetoditega kuivendatud ja üleujutatud kõdusoometsades (Nitrification and denitrification processes in drained and inundated peatland forest determined by real-time PCR and isotope methods) (bakalaureusetöö, 2021)

Kristel Reiss - Lühiajalise üleujutuse mõju mulla mikrobioloogilisele lämmastikuringele kaldaäärses lepikus (Microbial nitrogen cycle response to short-term flooding in a riparian forest soil) (bakalaureusetöö, 2021)

Kadri Kuusk - Metaani tootmise ja tarbimise mikrobioloogiline potentsiaal erinevat tüüpi haljaskatustel (The microbiological potential of methane production and consumption on different types of green roofs) (bakalaureusetöö, 2020)

Kadri Saare - Arhede arvukuse ja mitmekesisuse iseloomustamine Paistu hübriidse tehismärgala pinnasfiltrites (Characterisation of the population and diversity of archaea in Paistu hybrid constructed treatment wetland) (bakalaureusetöö, 2014)

Endised töörühma liikmed

Sushmita Deb (Aprill & Juuli 2024, külalisdoktorant)

Mayang Christy Perdana (2023-2024, külalisdoktorant)

Eliisabet Ojar (2022-2024, bakalaureusetöö)

Rasak Ayodeji Bello (2023-2024, magistritöö)

Ikechukwu Timothy Ukah (2023-2024, magistritöö)

Sharvari Sunil Gadegaonkar (2019-2023, doktoritöö)

Esther Amalachukwu Nwume (2022-2023, magistritöö)

Majid Farhadi (2022-2023, magistritöö)

Jessyca Rodrigues Marques (suvi 2023, külalislaborant)

Bastien Pallu (suvi 2023, külalislaborant)

Mohit Masta (2020-2022, doktoritöö)

Zane Ferch (2020-2022, magistritöö)

Kadri Kuusk (2019-2020 & 2021-2022, bakalaureusetöö & magistritöö)

Liina Hints (2021-2022, bakalaureusetöö)

Kristin Pille (2019-2020, magistritöö)

Kas leidsite vajaliku informatsiooni? *
Aitäh tagasiside eest!