Keskkonnamikrobioloogia töörühm

Keskkonnamikrobioloogia töörühma peamiseks eesmärgiks on uurida tehislikes ja looduslikes ökosüsteemides toimuvaid  biogeokeemilisi protsesse. Olulisemad uurimisvaldkonnad on mikroobide poolt vahendatud protsessid lämmastiku-, fosfori- ja süsinikuringes tehislikes ning looduslikes ökosüsteemides. Paljud uurimisprojektid on koostöös välisülikoolide ja teiste partneritega.

Erinevate keskkondade mikroobikoosluse mitmekesisust, aktiivsust ja funktsionaalsust uuritakse kaasaaegselt sisustatud laboris kasutades väga erinevaid molekulaarseid meetodeid (nt kvantitatiivne PCR, metagenoomika). Töörühma igapäevatöös on ka väga olulisel kohal nii uute molekulaarsete kui ka bioinformaatiliste metoodikate väljatöötamine.

  • Mikroobikooslused märgalades lokaalsest globaalseni – kliima soojenemise ja maakasutuse mõju
  • Taastatud märgalade mikrobioom
  • Metsaökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
  • Rannikuökosüsteemi mulla mikroobikoosluse analüüs
  • Tehismärgalapuhasti metagenoomi analüüs
  • Mikroobikoosluste roll ja dünaamika bioelektrokeemiliselt võimendatud tehismärgalades põllumajandusliku reostuse leevendamiseks
  • Haljaskatuste mikroobikooslus
  • Taimede ja nende risosfääri mikroobikoosluste analüüs

Publikatsioonid andmebaasides:

Google Scholar

ResearchGate

Web of Science Scopus ORCID

 

Meie koostööpartnerid Eestis ja mujal maailmas:

  • Eesti Maaülikool
  • Läti Riiklik Metsauuringute Instituut "Silava" (Läti)
  • Läti Ülikool (Läti)
  • Soome Loodusvarade Instituut (Luke) (Soome)
  • Helsingi Ülikool (Soome)
  • Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool (Rootsi)
  • Linné Ülikool (Rootsi)
  • Rennes'i Ülikool (Prantsusmaa)
  • Lorraine'i Ülikool (Prantsusmaa)
  • Prantsuse Riikliku Põllumajandusuuringute Instituut (INRAE) (Prantsusmaa)
  • Ida-Hiina Tavaülikool (Shanghai, Hiina)
  • Chungbuki Riiklik Ülikool (Lõuna-Korea)
  • Aberdeeni Ülikool (Suurbritannia)
  • University of East Anglia (Suurbritannia)
  • California Ülikool, Berkeley (USA)
  • National Taiwan University (Taiwan)
  • National Ilan University (Taiwan)
​NB! Uurimistöid saab kohandada vastavalt tudengite huvidele. Uurimistööd sisaldavad olenevalt teemast välitöid, laboritööd ja/või ka andmeanalüüsi arvutis.

Kontakt: mikk.espenberg@ut.ee

1) Märgalade maakasutuse muutuse mõju mikroobikooslusele ja biogeokeemilistele ringetele metagenoomika abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

2) Märgalade maakasutuse muutuse mõju bakterite ja arhede kooslustele amplikonipõhise sekveneerimise abil

Töö eeldab huvi bioinformaatika ja programmeerimise vastu.

3) Turbamulla sügavamate kihtide mikroobse lämmastikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

4) Turbamulla kihtide mikroobse süsinikuringe dünaamika kuivendatud metsas aasta lõikes

5) Tehismärgalade põllumajandusega seotud hajureostuse vähendamine mikrobioloogiliste protsesside abil

6) Keskkonnatehnoloogiliste meetodite efektiivsuse metaanalüüs

Töö eeldab huvi andmeanalüüsi vastu.

7) Taimede roll metaani (CH4) ja naerugaasi (N2O) emiteerimisel või sidumisel: mikrobioloogiline analüüs

8) Mikrobioloogiliste meetodite väljatöötamine ja arendamine toitainete ringluse uurimiseks

 

ja paljud teised teemad. Küsi julgelt, leiame lahenduse!

Küsi lisainfot

Töörühma liikmed

Mikk Espenberg
Töörühma juht
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
Vanemuise 46-241
+372 737 6843
Mikk Espenberg
Töörühma juht
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia kaasprofessor
Vanemuise 46-241
+372 737 6843
Kärt Kanger
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,1 k
Kärt Kanger
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia spetsialist (tööleping peatatud) 0,1 k
Fahad Ali Kazmi
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
Vanemuise 46-134
Fahad Ali Kazmi
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonnatehnoloogia nooremteadur 0,2 k
Vanemuise 46-134
Laura Kuusemets
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia nooremteadur
Vanemuise 46-134
Laura Kuusemets
doktorant
Geograafia osakond
Loodusgeograafia ja maastikuökoloogia õppetool
keskkonna mikrobioloogia nooremteadur
Vanemuise 46-134
Amy Russell
doktorant, East Anglia Ülikool (UK)
Amy Russell
doktorant, East Anglia Ülikool (UK)
Mayang Christy Perdana
külalisdoktorant
Mayang Christy Perdana
külalisdoktorant
Kristel Reiss
magistritudeng
Kristel Reiss
magistritudeng
Rasak Ayodeji Bello
magistritudeng
Rasak Ayodeji Bello
magistritudeng
Ikechukwu Timothy Ukah
magistritudeng
Ikechukwu Timothy Ukah
magistritudeng
Karmel Kikas
magistritudeng
Karmel Kikas
magistritudeng

Endised töörühma liikmed

Sharvari Sunil Gadegaonkar (2019-2023, doktoritöö)

Esther Amalachukwu Nwume (2022-2023, magistritöö)

Majid Farhadi (2022-2023, magistritöö)

Jessyca Rodrigues Marques (suvi 2023, külalislaborant)

Bastien Pallu (suvi 2023, külalislaborant)

Mohit Masta (2020-2022, doktoritöö)

Zane Ferch (2020-2022, magistritöö)

Kadri Kuusk (2019-2020 & 2021-2022, bakalaureusetöö & magistritöö)

Liina Hints (2021-2022, bakalaureusetöö)

Kristin Pille (2019-2020, magistritöö)